Markus Hinterhäuser (* 30. März 1958 in La Spezia, Italien) ist ein österreichischer Pianist und Kulturmanager.
Hinterhäuser absolvierte sein Klavierstudium am Wiener Konservatorium und am Mozarteum Salzburg. Dort war er unter anderem Schüler von Elisabeth Leonskaja und Oleg Maisenberg. Als Kammermusiker arbeitete er schon bald mit dem Arditti-Quartett zusammen. Auch war er lange Zeit Begleiter der Sängerin Brigitte Fassbaender. Später engagierte er sich vor allem für die Musik des 20. Jahrhunderts. So spielte er unter anderem das gesamte Soloklavierwerk der Zweiten Wiener Schule sowie von John Cage, Morton Feldman und Galina Ustwolskaja ein.
Daneben ist er regelmäßig Gast bei vielen Festivals, etwa den Salzburger Festspielen, der Schubertiade Hohenems, dem Münchner Klaviersommer und dem Festival Wien Modern.
Hinterhäuser ist Gründer (mit Tomas Zierhofer-Kin) und langjähriger Leiter (1993-2001) des Zeitfluss-Festivals (Salzburger Festspiele) und von Zeit-Zone (Wiener Festwochen (seit 2002). Im Februar 2005 wird er anstelle des ursprünglich vorgesehenen Peter Schmidl - vom künftigen Intendanten Jürgen Flimm als Konzertdirektor der Salzburger Festspiele designiert (Amtsantritt für beide: am 1. Oktober des Jahres 2006).
Nach der Saison 2011 will Hinterhäuser sein Engagement bei den Salzburger Festspielen beenden. Seit Oktober 2006 ist er verantwortlich für das Konzertprogramm in Salzburg. Ab 2014 ist geplant, gemeinsam mit Şermin Langhoff, die Wiener Festwochen zu betreuen.